주민등록번호 기재분 세금계산서의 매입세액공제가 가능할까?

주민등록번호 기재분 세금계산서의 매입세액공제 여부

 

 

1. 서론

 

사업자가 사업자등록증을 교부받았음에도 공급자에게 사업자등록증 교부사실을 전달하지 않아 세금계산서상에 사업자등록번호가 아닌 대표자(사업주)의 주민등록번호를 기재하여 발급받고, 부가가치세 신고한 이후 과세관청으로부터 지적을 받는 일이 때때로 발생합니다.

 

사업자가 미리 알고 사업자등록번호를 기재한 수정세금계산서를 발급받으면 매입세액공제를 받을 수 있지만, 공급자가 수정발급을 거절하거나 현지확인이나 세무조사 시에 발견되면 곧바로 매입세액불공제 처분을 하고 있어 매입세액 불공제처분이 적법한 것인지를 판례등을 살펴보겠습니다.

 

 

 

2. 사실관계

 

① 갑사업자는 부동산임대용 건축물의 신축과 관련된 건설용역을 을사업자로부터 제공받고 계약금(55백만원, 2023.11.1. 지급), 중도금(2.2억원, 2023.12.1. 지급)에 대하여 해당 지급일에 갑사업자의 주민등록번호, 공급가액이 기재된 전자세금계산서를 각각 수취하였다.

 

② 계약금 등에 대한 세금계산서는 사업자등록증 발급일(2023.10.26.) 이후에 발급된 것으로 시공사 을사업자에게 사업자등록을 발급받은 사실을 통지하지 아니하여 착오로 주민등록번호가 기재된 것이다.

 

③ 갑사업자는 위 세금계산서에 대하여 2024.1.25. 부가가치세 확정신고를 하면서 조기환급신청을 하였다.

 

④ 관할세무서의 부가가치세 환급현지확인과정에서 위 주민등록번호 기재분 세금계산서가 문제되었고, 갑사업자는 현지확인 중에 을사업자에게 사업자등록번호를 기재한 세금계산서 수정발급을 요청하였으나 계약금에 대한 세금계산서는 수정발급받았으나, 중도금 관련 세금계산서는 고액이라는 이유로 수정발급이 거절되었다.

 

⑤ 관할세무서는 중도금 세금계산서는 주민등록번호 기재분 세금계산서라는 사유로 매입세액불공제처분하였고 아울러 수정발급된 계약금 부분 수정세금계산서는 현지확인 중에 발급받았으므로 공제할 수 없다고 통지하였다.

 

 

 

 

3. 매입세액 공제여부에 대한 검토의견

 

(1) 국세청의 유권해석 및 경정 현황

 

국세청의 유권해석은 등록된 사업자가 사업자등록번호가 아닌 주민등록번호를 기재하여 세금계산서를 수취한 경우 경정할 것을 미리 알지 못한 상태에서 부가세법 시행령 제70조 제1항 제5호에 따라 사업자등록번호를 기재한 수정세금계산서를 수취하였다면 매입세액공제가 가능하다고 해석하였습니다(사전-2015-법령해석부가-22453, 2015.2.27.).

 

위 사실관계에서 공급자(을)가 사업자등록번호를 기재한 수정세금계산서를 발행해주면 갑사업자는 매입세액공제에 있어 장애가 될 것은 없으나, 국세청 해석에 따르면 부가가치세 현지확인이나 경정조사 전까지 수정세금계산서를 받으면 매입세액공제 가능하지만 공급자가 부도/폐업하거나 수정발급을 거부하는 경우가 실무상 종종 발생하여 수정세금계산서를 발급받지 못하는 사례가 많을 뿐만 아니라, 설령 수정세금계산서를 발급받는다고 하더라도 부가가치세 현지확인과정이나 세무조사과정 등에서 이 사실이 확인되어 부가세법 시행령 제70조 제1항 제5호 각 목에 해당된다는 이유로 매입세액공제가 거부되고 있습니다.

 

 

(2) 조세심판원의 결정 현황

 

조세심판원의 경우 동 사건과 관련된 세 개의 결정문이 있는데 착오를 인정한 사례와 착오를 인정하지 아니한 2건의 사례가 있다. 2012년에는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 대하여 매입세액공제를 배제하는 취지는 부가가치세의 사전징수기능 및 과세자료로서의 기능을 확보하기 위하여 납세자로 하여금 세금계산서의 정확한 교부를 유도하기 위한 것이라 할 것인바, 거래상대방이 동 거래에 대한 부가가치세를 징수하여 신고 납부한 사실이 있으며, 세금계산서의 본질적 기능을 침해할 만한 사실과 다른 내용이 기재되어 있는 것이 아님에도 불구하고, 사업자등록증을 교부받고, 이후 거래분에 대하여 공급받

는 법인의 대표이사 주민등록번호로 기재된 매입세금계산서를 받은 것은 착오로 교부받아 매입세액공제가 가능한 것이라고 결정하였다(조심-2012-구-2204, 2012.7.5.).

 

그러나 이후 두 건의 심판결정례(조심2016구0623, 2016.4.27.; 조심2015전4021, 2016.8.24.)에서는 필요적 기재사항인 사업자등록번호를 기재하지 아니한 경우 원칙적으로 매입세액불공제대상이고 주민등록번호가 기재된 세금계산서를 공제하는 경우는 부가세법 시행령 제75조 제1호에 따라 사업자등록 신청한 자가 등록증 발급일까지의 거래에 해당하는 경우 또는 부가세법 제39조 제1항 제8호의 사업 개시전 교부받은 것만 가능하다는 논리로 매입세액공제를 허용하지 아니하는 결정을 하였다.

 

2012년 심판결정은 세금계산서 발급 하루전에 사업자등록증을 교부받았다는 것이고 그 외에는 2016년 두 건의 사례와 다른 것이 없는데 부가세법 제39조 제1항 제8호의 규정을 내세워 매입세액 불공제 결정한 것은 논리적 일관성이 없어 보인다.

 

 

(3) 매입세액공제의 필요성과 논리

 

공급자(을)로부터 수정세금계산서를 발급받을 수 없다고 하더라도 주민등록번호가 기재된 위사실관계의 세금계산서는 필요적 기재사항 중 공급받는 자의 사업자등록번호가 기재되지 아니하고 착오로 주민등록번호로 사실과 다르게 적혔지만 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되므로 부가세법 시행령 제75조 제2호에 따라 해당 매입세액은 당연히 공제되어야 한다고 본다. 이러한 취지에서 볼 때 2012년 조세심판원의 결정이 타당하다고 판단된다.

 

공급받는 자의 사업자등록번호가 아예 기재되지 아니하여 착오기재로 볼 수 없다는 주장도 있지만 국세청은 작성일자 중 일(日)이 기재누락된 경우에도 나머지 기재사실이 확인되어 실거래가 인정되는 경우 매입세액공제가 가능하다고 회신한 사례(부가1265-1868, 1983.9.5.)도 있고, 조세심판원도 공급받는 자의 사업자등록번호가 누락되어도 다른 기재사항에 따라 실거래 사실이 확인되면 매입세액공제가 가능하다는 결정(국심2004구3577, 2005.3.22.)에 비추어 볼때 과세형평에도 맞지 않는다.

 

특히 전자세금계산서 제도가 도입되어 공급받는 자의 주민등록번호가 기재되더라도 국세청에세금계산서 수수내역이 전송되고 공급받는 자가 누구인지를 확인할 수 있다는 점에서 2016년 조세심판원의 결정은 재고되어야 한다.

 

 

 

4. 관련 법령 및 사례

 

(1) 관련 법령

 

○ 부가가치세법 제38조【공제하는 매입세액】

① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

 

○ 부가가치세법 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】

① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하“필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

 

○ 부가가치세법 시행령 제70조【수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차】

① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

5. 필요적 기재사항 등이 착오로 잘못 적힌 경우(다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다): 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

가. 세무조사의 통지를 받은 경우

나. 세무공무원이 과세자료의 수집 또는 민원 등을 처리하기 위하여 현지출장이나 확인업무에 착수한 경우

다. 세무서장으로부터 과세자료 해명안내 통지를 받은 경우

라. 그 밖에 가목부터 다목까지의 규정에 따른 사항과 유사한 경우

6. 필요적 기재사항 등이 착오 외의 사유로 잘못 적힌 경우(제5호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우로서 과세표준 또는 세액을 경정할 것을 미리 알고 있는 경우는 제외한다):

재화나 용역의 공급일이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한 다음 날부터 1년 이내에 세금계산서를 작성하되, 처음에 발급한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급하고, 수정하여 발급하는 세금계산서는 검은색 글씨로 작성하여 발급

 

○ 부가가치세법 시행령 제75조【세금계산서 등의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우 등에 대한 매입세액 공제】

1. 제11조 제1항 또는 제2항에 따라 사업자등록을 신청한 사업자가 제11조 제5항에 따른 사업자등록증 발급일까지의 거래에 대하여 해당 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 적어 발급받은 경우

2. 법 제32조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 사실과 다르게 적혔으나 그 세금계산서에 적힌 나머지 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

 

 

(2) 관련 사례

 

○ 사전-2015-법령해석부가-22453, 2015.2.27.

사업자로 등록을 한 자가 세금계산서상 공급받는 자의 등록번호를 착오로 대표자 주민등록번호로 발급받은 사실을 확인한 후 과세표준 및 세액이 경정될 것을 미리 알지 못한 상태에서 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5호에 따라 사업자등록번호로 수정하여 발급받은 경우에는 같은 법 제38조 제1항에 따라 매입세액공제가 가능한 것임.

 

○ 사전-2018-법령해석부가-0199, 2018.4.2.

사업자가 용역을 공급하고 공급받는 자의 주민등록번호를 기재한 세금계산서를 발급한 경우 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제5호에 따라 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것이며, 이 경우 부가가치세법 제60조에 따른 가산세가 적용되지 아니하는 것임.

 

○ 부가22601-2193, 1987.10.22.

사업자가 부가가치세가 과세되는 재화를 구입하고 주민등록번호를 기재한 세금계산서를 교부받는 경우 동 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없는 것이나, 부가가치세법 시행령 제59조의 규정에 의하여 주민등록번호를 사업자등록번호로 수정한 세금계산서를 교부받아 당해 예정신고 또는 확정 신고시에 정부에 제출하는 경우에는 동 매입세액은 공제받을 수 있는 것임.