연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도

국세청은 ’20년부터 연구·인력개발비 세액공제 신청의 적정여부를 전담팀이 사전에 확인해주는 ｢연구·인력개발비 세액공제 사전심사｣ 제도를 운영하여 기업의 연구개발활동을 지원하고 있습니다.

 

지난해에는 총 2,440개 기업이 사전심사를 신청하여 제도가 도입된 ’20년 1,547건 대비 신청 건수가 약 58% 증가하였으며, 국세청은 수출중소기업 등 미래성장 세정지원기업에 대해 우선심사를 실시하였습니다.

 

금년에는 연구개발활동 지원을 강화하기 위해 ‘혁신성장유형 벤처기업 확인 목적’, ‘신성장·원천기술’ 관련 심사신청을 우선심사 대상에 추가하였으며, 법인세(소득세) 신고 등에 적시 활용할 수 있도록 신청인이 지정하는 세무대리인에게도 심사결과를 자동 통보하도록 개선하였습니다.

 

사전심사는 홈택스, 지방국세청(법인세과)·세무서(민원실)를 통해 연중 언제나 신청이 가능하며, 이번 법인세(소득세) 신고기한 이전에 미리 신청하시면 심사결과를 신고내용에 신속히 반영하실 수 있습니다.

 

심사결과에 따라 법인세(소득세)를 신고한 경우 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되고, 이후 심사결과와 다르게 과세처분 되더라도 과소신고 가산세를 면제합니다.

 

 

 

1. 신청인

 

사전심사는 연구·인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자(개인사업자)가 신청할 수 있습니다.

 

 

 

2. 신청기한

 

이번 법인세(소득세) 신고 시 세액공제를 적용받고자 하는 경우, 신고 전까지 사전심사를 신청하시면 됩니다. 다만, 신고 기한에 임박한 신청의 경우 결과가 지연될 수 있으므로 가급적 조기에 신청하시기 바랍니다. 신고 이후라도, 세액공제 신청 누락분에 대해서 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 신청이 가능합니다.

 

 

 

3. 신청방법

 

홈택스(www.hometax.go.kr)*, 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과)를 통해 신청(재신청) 할 수 있습니다.

* 홈택스 로그인 > 국세증명·사업자등록 세금관련 신청/신고 > 소득·법인세 관련 신청·신고 >연구·인력개발비 사전심사 신청

 

홈택스로 신청할 경우 1)심사 진행상황 확인, 2)신청서류 체크리스트 제공, 3)사전심사 결과를 공유할 세무대리인 지정 등 다양한 편의기능이 있습니다.

 

 

 

4. 제출서류

 

｢연구·인력개발비 사전심사 신청서｣, ｢연구개발비 명세서｣, ｢연구개발 보고서｣, 기타 공제 대상임을 입증할 수 있는 서류(｢연구노트｣, ｢급여대장｣, ｢재료비 집행내역｣ 등)를 제출해야 합니다.

 

신청 시 제출서류뿐만 아니라 보완서류도 홈택스로 제출 가능하며, 연구소 인정서, 지식 재산권 등록자료 등 국세청이 자체 수집 가능한 자료는 신청 시 제출하지 않으셔도 됩니다.

 

 

 

5. 심사 내용

 

국세청은 사전심사 신청 건에 대하여 세법상 연구개발 해당 여부와 비용 적정성, 두 가지 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토합니다.

 

(1) 연구개발활동 심사

 

- 신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항의 연구개발*에해당하는지 여부를 판단합니다.

* 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동

 

- 전문성이 필요한 연구개발활동 심사의 경우 신속하고 정확한 심사를 위해 9개 분야별* 전문심사관**이 검토를 전담하고 있습니다.

* (9개 분야) 기계, 전기･전자, 정보통신, 소프트웨어, 화학, 에너지시스템, 토목･건축, 디자인, 바이오

** 다년간의 관련분야 실무경력을 보유한 민간 전문가를 채용하여 전담팀 구성

 

 

(2) 비용 심사

 

신청인이 지출한 금액이 조세특례제한법 제10조에서 정한 공제대상인지 여부를확인하며, 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능합니다.

 

 

 

6. 신청 대상

 

여러 가지 연구과제가 있는 경우 세부 과제별로 여러 번 신청할 수 있고, 연구개발활동 여부 심사만 별도로 신청하는 것도 가능합니다. 다만, 세액공제를 이미 신청하였거나 정당한 사유 없이 답변이나 자료제출을 거부하는 등의 경우 해당 신청 건은 심사에서 제외될 수 있습니다.

 

 

 

7. 서면심사 원칙

 

신청인의 편의를 위해 비대면 서면심사를 원칙으로 합니다.

심사담당자는 제출된 서류만으로 정확한 판단이 어려울 경우 보완을 요구하거나 신청인 동의하에 현장 확인을 할 수 있습니다. 제출하신 모든 문서는 암호화하고 열람 권한을 심사 담당자로 제한하는 등 철저히 관리하고 있으므로, 정보보안에 대해 염려하지 않으셔도 됩니다.

 

 

 

8. 결과 통지

 

결과통지 전 담당자는 신청인에게 연락하여 심사 내용에 대한 상세한 설명과 보완사항을 안내해드립니다. 또한, 올해부터는 신청인이 지정한 세무대리인에게도 심사 결과를 통지하여, 신속·편리하게 사전심사 결과를 법인세(소득세) 신고에 반영 가능합니다

 

 

 

9. 사례