용도변경에 따른 장기보유특별공제 적용여부

양도소득세에서는 장기보유한 경우 장기보유특별공제를 적용하고 있습니다. 많은 금액이 공제되기 때문에 그 적용 범위에 대해서는 확실히 알아둘 필요가 있습니다.

조세심판례를 통해서 용도변경시 장기보유특별공제 적용여부와 장기보유특별공제를 정한 법적 취지를 알아보도록 하겠습니다. 

 

 

 

 

 

1. 요지

 

소득세법 §95 ②의 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 2주택 상태에서 1주택을 근린생활시설로 용도변경을 하여 사용하다가 이를 양도하는 경우 보유기간은 건물의 취득일로부터 양도일까지의 기간 중 근린생활시설로 사용한 기간인 점(조심2012서2274, 2012.8.17.), 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특별공제율을 정한 취지, 1세대 다주택자에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제하는 취지 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 소득세법 §94 ① 1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하므로 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율(또는 다른 공제요건)을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것인 점(대법원 2014.9.4. 선고 2012두28025 판결), 등에 비추어 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단됨.

 

 

 

2. 참조조문

 

국세기본법 제14조【실질과세】

소득세법 제88조【정의】

 

 

 

3. 주문

 

양천세무서장이 2022.11.15. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세OOO원의 부과처분은 서울특별시 동작구 노량진동 OOO 건물 64.42㎡를 근린생활시설로 보고, 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

 

 

 

4. 이유

 

 

(1) 처분개요

 

가. 청구인은 2002.1.23. 서울특별시 동작구 노량진동 OOO 소재 건물 64.42㎡, 대지 136㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득하였고, 2021.3.18. 공부상 주택으로 되어 있던 쟁점부동산을 매수인의 요청에 의해 근린생활시설로 용도를 변경하는데 동의한다는 내용의 특약사항을 기재하여 매매계약을 체결하였으며, 2021.4.1. 공부상 용도를 근린생활시설로 변경한 후 2021.5.20. 매수인 A 외 1명에게 양도가액 OOO원에 양도하였고, 청구인은 근린생활시설을 양도한 것으로 하여 2021.7.31. 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고 납부하였다.

 

나. 처분청은 2022.7.27.∼2022.8.15. 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, 쟁점부동산의 양도를 주택의 양도로 보아 쟁점부동산 외 1주택을 소유하고 있는 청구인에게 장기보유특별공제(OOO원)의 적용을 배제하고 1세대 2주택자에 대한 중과세율을 적용하여 2022.11.15. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정 고지하였다.

 

다. 청구인은 이에 불복하여 2023.1.25. 이의신청을 거쳐 2023.5.24. 심판청구를 제기하였다.

 

 

(2) 청구인 주장 및 처분청 의견

 

가. 청구인 주장

 

청구인은 부동산의 노화와 노량진 주택임대 시장의 악화로 2018년경 부터 더 이상 임대가 이루어지지 아니하여 공실상태인 쟁점부동산을 양도하고자 하였고, 공인중개사로부터 자문을 받은 결과 근린생활시설로 용도를 변경하여 매도하는 경우 매매가 수월할 것으로 판단하였으며, 이 경우 미리 용도를 특정하여 용도변경 후 매수인을 물색하는 것 보다는 매수인을 먼저 찾은 뒤 원하는 용도에 맞게 용도변경을 하여 매도하는 것이 유리할 것으로 판단하여, 이와 같이 거래를 하게 된 것이다.

납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 납세의무자가 선택한 법률관계를 존중하여야 하며, 실질적인 경제적 효과가 동일한 3가지방법, 즉, 매도인의 비용과 책임으로 용도를 변경하는 경우, 매도인 책임하에 매수인의 비용으로 용도를 변경하는 경우, 매도인의 협력하에 매수인의 책임과 비용으로 용도를 변경하는 경우 중 매도인과 매수인의 이해관계, 매매 당시의 상황, 양 당사자의 경험, 절차의 편의성 등을 고려하여 합의한 방법에 의하여 선택된 방법에 따라 ‘용도변경’이 이루어진 것에 불과하므로 이를 동일하게 취급함이 실질과세원칙에 부합함에도, 이를 달리 취급하겠다는 처분청의 이 건 처분은 위법하다.

 

(1) 처분청은 청구인이 용도변경의 협조자일 뿐 실질적인 용도변경자는 매수인이므로 청구인은 용도변경을 주장할 수 없다는 의견이나, 상술한 바와 같이 용도변경을 미리하는 것 보다는 매수인과 협상하여 용도를 특정하고, 그 특정된 용도를 누구 책임하에 진행할 것인가는 경제적 효과가 동일할 뿐만 아니라 사적자치의 원칙에 따라 매수인과 매도인의 선택의 문제일 뿐이며, 실질과세원칙상 양도소득세 납세의무가 성립하는 양도일 이전에 용도가 변경되었다면 주택이 아닌 변경된 근린생활시설로 매매된 것이 명백함에도 이와 다른 전제의 처분청의 의견은 실질과세원칙의 법리를 오해한 것이다.

 

(2) 또한 처분청은 주택인지 여부를 잔금지급일(양도일)이 아닌 매매계약체결일을 기준으로 판단하여야 한다는 의견이나, 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한바, 세법에서는 양도소득세의 납세의무 성립일을 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조에 따른 양도시기(이 건의 경우 잔금청산일)로 규정하고 있으므로, 이를 처분청이 함부로 변경하는 것은 허용되지 아니하며, 대법원도 양도자산이 과세요건 및 면세요건에 해당하는지 여부는 양도시기를 기준으로 판단하여야 할 것이고, 이와 같은 기준은 일률적으로 엄격하게 적용되어야 한다고 판시하고 있다(대법원 2001.7.27. 선고 99두8268 판결 등 참조). 따라서 이 건의 1세대 1주택 여부의 판단기준일은 양도소득세 성립의무일인 2021.5.20.이 된다고 할 것 임에도 이와 다른 전제하에 선 처분청의 의견은 조세법률주의와 세법해석의 엄격해석 및 양도일 현재 납세의무성립 관련 대법원 판례에 반하는 것으로 이유 없다.

 

(3) 처분청은 2018.9.5.까지 쟁점부동산에 거주한 임차인 B에게 확인한바 화장실과 주방시설이 있었으므로 쟁점부동산을 주택으로 보아야 한다거나, 공부상 용도변경이 되었더라도 주택으로 환원될 수 있으므로 주택으로 보아야 한다는 의견이나, 쟁점부동산이 주택인지 여부는 납세의무 성립일을 기준으로 판단해야 함은 상술한 바와 같으므로 양도일로부터 무려 3년 전에 거주한 B에 대한 확인은 전혀 무가치한 증거 방법이고, 노량진 학원가의 쇠퇴와 건물의 노후화로 인한 사회적 이유로서 주택으로의 기능을 상실하여 주택으로는 도저히 매도할 수 없었기에 청구인은 쟁점부동산을 근린생활시설로서 양도

하게 된 것이며, 매도 당시 약 3년간 어느 누구도 임차하여 주거로 사용한 사실이 없고, 양도하기 전 먼지와 녹이 쌓인 싱크대와 붙박이장까지 뜯어내었으며 구청 직원이 직접 근린생활시설로 인정한 용도변경조서까지 작성한 사실에 더하여 보면, 처분청이 임의적으로 설정한 2018년 9월을 기준으로 하여 쟁점부동산의 용도를 특정한 것은 그 자체로 양도당시의 용도로 해야한다는 법문에 어긋나는 것이다.

 

(4) 처분청은 청구인이 양도소득세를 회피하고 매수인은 취득세 중과를 면하기 위하여 이와 같은 거래를 하였다는 의견이나, 이는 납세자의 선택권의 법리를 오해한 잘못된 주장이다. 대법원은 납세자의 행위가 가장행위가 아닌 한 유효하다고 보아야 하고, 이를 부인하기 위해서는 권력의 남용으로부터 납세자를 보호하기 위한 조세법률주의의 법적 안정성 또는 예측가능성의 요청에 비추어 법률상 구체적인 근거가 필요하다고 판시한 바, 조세회피로 처분청이 과세처분을 하고자 한다면 처분청의 자의적 판단이 아닌 관련 규정에 조세회피라고 정한 규정이 있어야 하므로, 설령 납세자가 조세회피를 의도하였

다고 하더라도 그러한 규정이 없이 조세회피로 처분하는 것은 위법하고, 납세자가 상대방과 합의한 선택은 납세자의 당연한 권리에 해당하며, 사적자치의 원칙하에 이루어진 것이므로 존중되어야 한다.

만약 처분청의 의견대로라면 2주택을 가진 납세자가 오로지 1세대1주택 비과세 혜택을 보기 위하여 상대적으로 고가의 주택을 매도하는 과정에서 상대적으로 저렴한 주택을 처분하는 행위 역시 1세대 2주택 중과세를 피하기 위한 조세회피가 되어 1세대 1주택 비과세 혜택을 인정해서는 안된다는 결론에 이르게 되는데, 이러한 점만 보더라도 이 사건을 조세회피로 주장하는 처분청의 의견은 무리한 것이다.

 

(5) 백번을 양보하여 처분청의 주장을 수용하더라도, 쟁점부동산의 양도 당시 용도에 대한 입증책임은 처분청에 있고, 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따르는 것인데, 처분청이 쟁점부동산이 양도일 현재 주택에 해당한다는 의견에 대한 증거로 제시한 것은 부동산매매계약서와 계약일로부터 무려 3년전에 거주한 B에 대한 전화 확인뿐이며, 그 외 어떠한 객관적인 증거도 존재하지 아니한바, 쟁점부동산의 양도일 현재 용도가 불분명한 경우에 해당하고, 이 경우 법령에 따라 공부상 용도인 근린생활시설로 판단함이 타당하다(조심2021인3225, 2021.11.22., 같은 뜻임).

 

 

나. 처분청 의견

 

청구인은 쟁점부동산이 주택의 기능을 상실하였고 양도일 전에 용도를 근린생활시설로 변경하였으므로 주택의 양도로 보아 결정 고지한 당초 처분이 부당하다고 주장하나, 쟁점매매계약일 현재 쟁점부동산의 용도를 주택으로 봄이 타당하고, 쟁점부동산의 용도를 주택에서 근린생활시설로 변경할 타당한 사유가 없으며, 용도변경 이후 근린생활시설로 이용했다고 보기는 어려우므로, 양도일 현재에도 쟁점부동산의 실제용도를 주택으로 봄이 합리적인바, 청구주장은 이유 없다.

 

(1) 쟁점매매계약서에 쟁점부동산의 구조를 주택으로 기재하여 청구인이 양도한 쟁점부동산은 주택이고, 쟁점부동산의 용도를 근린생활시설로 변경함에 필요한 제반비용을 매수인이 부담하는 것으로 명시하여, 청구인은 쟁점부동산의 용도를 변경하는 데에 협조한 것에 불과하며, 쟁점매매계약일 전 쟁점부동산에서 거주한 세입자 B에게 문의한 바, 쟁점부동산은 화장실 및 주방시설 등이 구비되어 주거용으로 이용할 수 있는 주택임이 확인되고, 2018.9.5. 이후 쟁점부동산이 공실일 수는 있으나 2년 6개월 경과 후인 매매계약일까지 쟁점부동산을 충분히 주거지로 사용 가능하였을 것으로 판단되며, 매매계약

일 전 쟁점부동산의 재산세가 계속하여 주택으로 부과되어 쟁점부동산을 주택으로 봄이 타당하다.

 

(2) 매매계약 후 양도일 이전에 매매특약에 의해 1세대 1주택에 해당되는 주택을 멸실한 경우에는 매매계약일 현재를 기준으로 비과세 판정을 하도록 소득세법 기본통칙(89-154...12)에서 규정하고 있고, 청구인이 쟁점부동산 양도 당시 1세대 2주택에 따른 중과세를 회피하고 다주택보유자인 매수인의 고율의 취득세를 기피하기 위한 목적 외에 쟁점부동산을 적극적으로 용도변경 할 만한 특별한 사정이 없어 보이며, 매매계약서 작성 이후 쟁점부동산의 공부상 용도가 근린생활시설로 변경되었으나 낡은 싱크대를 철거했을 뿐 근린생활시설로 사용하기 위해 공사를 한 내역 등은 확인되지 아니하여 쟁점부동산의 실제 용도가 변경되었다고 보기 어렵고, 양수인이 쟁점매매계약일 후 소유권 이전 등기일(2021.5.20.) 전인 2021.4.22.부터 현재까지 쟁점부동산을 사업장으로 전자상거래업을 영위하고 있으나, 실제 매출이 전무(2021년 제1기∼2022년 제1기)하고 쟁점부동산의 용도변경과 관련된 비용을 매입세액 공제 받은 이력이 없다.

 

(3) 건물이 주택에 해당하는지 여부는 공부상의 용도구분에 상관없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다 하더라도 그 구조·기능이나 시설 등이 본래 주거용으로 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지·관리되어 있어 언제든지 주택으로 사용할수 있는 건물의 경우에는 주택으로 봄이 타당하다.

 

 

(3) 심리 및 판단

 

가. 쟁점

 

쟁점부동산을 양도일 현재 주택으로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 1세대 2주택 중과세율을 적용하여 양도소득세를 부과한 처분의 당부

 

 

나. 관련 법령

(생략)

 

 

다. 사실관계 및 판단

 

(1) 청구인과 처분청이 제출한 증빙서류의 주요 내용은 아래와 같다.

 

(가) 쟁점부동산 매매계약서에 의하면 “매도인은 잔금 전에 매수자의 요청에 의해서 본 물건지 부동산을 근린생활시설로 용도변경 하는데 동의한다”(특약 3항)와, “용도변경에 필요한 제반비용일체는 매수인이 부담한다”(특약 4항) 등의 특약사항이 기재되어 있는 것으로 확인된다.

 

(나) 쟁점부동산의 일반건축물대장에 의하면, 매매계약일 현재 쟁점부동산의 주용도는 주택이었으나, 2021.4.1. 용도가 변경(건축과-7265호)되어 2021.5.20. 잔금청산일 현재 주용도는 제2종근린생활시설인 것으로 확인되고, 청구인이 제출한 서울특별시 동작구청 건축과의 용도변경(허가) 검토조서에 의하면 담당공무원은 쟁점부동산의 용도변경 신청을 검토한 결과 건축법 및 관련 규정에 적합하여 용도변경을 허가한 것으로 확인된다.

 

(다) 2018년 이후 쟁점부동산의 주민등록상 세대전출입내역에 의하면 2018.9.5. 임차인이 전출한 이후 양도일(2021.5.20.) 현재까지 쟁점부동산에 세대 전입사실은 나타나지 아니하고, 2023.2.22. 김◇◇이 전입하여 심리일 현재까지 거주중인 것으로 나타난다.

 

(라) 청구인이 제출한 C의 확인서는 2021년 3월말경 쟁점부동산에서 1톤트럭 1대 분량의 싱크대 등의 폐기물 처리를 의뢰받아서 현금OOO원을 받고 폐기물을 처리한 사실이 있음을 확인한다는 내용이고, 국세통합전산망 조회내용에 의하면 C은 2005.9.12.부터 대전광역시 서구에서 건설업(보일러, 기계설비)을 영위하는 계속사업자로 나타난다.

 

(마) 쟁점부동산 매수인 A 외 1명은 쟁점부동산을 사업장소재지로 하여 사업자등록(개업일 2021.4.22., 계속사업자, 도소매 전자상거래업)을 하였고, 개업 이후 심리일 현재까지 부가가치세 신고 매출은 없는 것으로 나타난다.

 

 

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점부동산을 양도일 현재 주택으로 보아 양도소득세를 과세한 처분이 정당하다는 의견이나, 1세대 1주택 비과세 규정을 적용함에 있어 “주택”이라 함은 공부상 용도구분에 관계없이 사실상 상시 주거용으로 사용하는 건물을 말하는 것이나 사실상 용도가 불분명한 경우에는 공부상 용도에 의해 판단하는 것인바(조심 2004서2792, 2004.12.23. 등, 같은 뜻임), 쟁점부동산은 2018.9.5. 임차인이 전출한 이후 양도 당시까지 공실상태였던 것으로 보이고, C의 확인서에 의하면 2021년 3월말 경 주거를 위한 필수시설인 싱크대 등 1톤트럭 1대 분량의 폐기물을 처리한 것으로 나타나, 쟁점부동산은 양도 당시 상시 주거용으로 사용하기 위한 시설 등이 철거된 상태였던 것으로 보이는 반면, 처분청이 제시한 용도변경을 위한 추가공사비가 발생하지 아니하였다는 사실, 2018.9.5. 퇴거한 임차인 B이 쟁점부동산을 주택으로 사용한 사실 또는 매수인 A의 사업자등록과 관련하여 매출신고사실이 없다는 사실 등만으로 쟁점부동산이 양도 당시 사실상 상시 주거용으로 사용하는 건물에 해당하였다는 점이 명확히 입증된다고 보기 어려운 점, 양도 당시 쟁점부동산에는 세대 전입사실이 없을 뿐만 아니라 사업자등록 이력이 있는 것으로 나타나고, 그 외에 쟁점부동산이 양도 당시 주거용으로 사용되었는지 여부에 대하여 청구인과 처분청 양측에서 모두 명확한 입증을 하지 못하므로, 쟁점부동산은 양도 당시 그 용도가 불분명한 경우에 해당한다고 보아야 할 것이며, 그렇다면 쟁점부동산은 그 용도를 공부상의 용도에 따라 판단해야 할 것인데, 쟁점부동산의 건축물대장상 용도가 “제2종근린생활시설”로 되어 있으므로 쟁점부동산의 양도 당시 용도는 주택이 아닌 업무용으로 봄이 타당하다. 따라서 처분청이 쟁점부동산을 양도일 현재 주택으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

 

다만, 청구인은 양도소득세 신고시 쟁점부동산의 보유기간을 최초 취득 당시로부터 기산하여 소득세법 제95조 제2항 표1에 따라 15년 이상 보유한 부동산에 대한 공제율(100분의 30)을 적용하여 장기보유특별공제액을 계산하였으나, 소득세법 제95조 제2항의 장기보유특별공제액을 계산함에 있어 2주택 상태에서 1주택을 근린생활시설로 용도변경을 하여 사용하다가 이를 양도하는 경우 보유기간은 건물의 취득일로부터 양도일까지의 기간 중 근린생활시설로 사용한 기간인 점(조심2012서2274, 2012.8.17., 같은 뜻임), 1세대 1주택에 대하여 별도로 더 높은 비율의 장기보유특별공제율을 정한 취지, 1세대 다주택자에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제하는 취지 등에 비추어 보면, 장기보유특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 소득세법 제94조 제1항 제1호에 규정된 자산을 계속하여 보유한 기간만을 통산하여야 하므로 그것이 멸실되었다가 신축되거나 다른 공제율(또는 다른 공제요건)을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없음이 원칙이라고 할 것인점(대법원 2014.9.4. 선고 2012두28025 판결), 청구인은 쟁점부동산의 용도를 근린생활시설로 변경한 후 3년 이내에 양도한 점 등에 비추어 쟁점부동산은 장기보유특별공제의 적용대상에 해당하지 아니하는 것으로 판단되므로, 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 양도소득세 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

 

 

(4) 결론

 

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.