코로나19 전담병원 지정으로 수령한 손실 보상금의 사업소득 수입금액 포함여부

[ 제 목 ]

 

코로나19 전담병원 지정으로 수령한 손실 보상금의 사업소득 수입금액 포함여부

 

[ 요 지 ]

 

의료업을 영위하는 사업자에게 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급한 손실보상금은 사업소득 총수입금액에 산입하지 않는 것이며, 손실보상금을 통해 보전 받은 직접경비는 사업소득의 필요경비에 산입되지 아니하는 것임

 

[ 회 신 ]

 

귀 서면질의의 경우, 의료업을 영위하는 사업자에게 ｢감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣제70조에 따라 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 발생한 손실 등을 보상하기 위해 지급한 손실보상금은 ｢소득세법｣제24조 및 같은 법 시행령 제51조의 사업소득 총수입금액에 산입하지 않는 것이며, 손실보상금을 통해 보전 받은 직접경비는 동법 제27조에 규정된 사업소득의 필요경비에 산입되지 아니하는 것입니다.

 

[ 관련법령 ]

 

소득세법 제24조

 

1. 사실관계

 

○ 신청인은 종합병원을 운영하고 있는 의료업자로서, 동 병원이 코로나19 전담병원으로 지정되어 운영됨에 따라 발생하는 사업상의 손실 등을 사유로

 

- 보건복지부 산하기관인 “코로나바이러스감염증-19중앙사고수습본부”로부터 안내(“코로나19 대응 의료기관에 대한 손실보상 개산급 지급계획 등 안내”)받은 사항에 따라 매달 쟁점손실보상금을 신청하고, 국가로부터 이를 수령하고 있음

 

○(쟁점손실보상금 개요) 쟁점손실보상금은 ‘20.3.23. 1차 지급계획 안내(1차)에 따라 ’20.4.10.부터 대상 의료기관의 신청에 따라 매달 지급되어 왔으며

 

- ‘22.09.01. 게시된 30차 신청안내문(이하 “안내문”)에는 아래와 같은 사항 등이 안내되어 있음(보건의료자원통합신고포털(hurb.or.kr) 참조)

 

○ 지급대상 의료기관 : 거점 및 감염병 전담병원, 국가지정 입원치료병상 운영병원, 중증환자 전담치료병상 운영병원 등 코로나19 환자 치료의료기관 및 선별진료소 운영기관, 생활치료센터 협력기관

 

○ 지급대상 손실범위

 

❶ 정부·지자체의 지시로 병상을 확보하였으나, 코로나19 환자(의사환자 등 포함) 치료에 사용하지 못하고 비워 놓은 병상 손실

 

❷ 코로나19 환자 치료에 사용한 병상에서 발생한 손실

 

❸ 코로나19 환자 치료기간 동안 일반환자 감소에 따른 진료비 손실

 

❹ 선별진료소 운영 기간 동안 일반환자 감소에 따른 진료비 손실

 

❺ 생활치료센터 의료인 파견 등 진료지원에 따른 의료기관의 진료비 손실

 

❻ 거점 및 감염병 전담병원 운영 종료 후 회복기간 동안의 진료비 손실

 

○ 지급대상 손실기간(신청차수별 상이)

 

○ 조사표 작성항목

 

 

○ (세부 산정방식) 개별 기관은 ① 코로나19 환자 치료 의료기관, ② 폐쇄·업무정지·소독 등 조치한 요양기관, ③ 환자 발생·경유 또는 그 사실이 공개된 요양기관, ④생활치료센터 협력병원, ⑤ 선별진료소 운영병원으로 분류되어 각 기관별로 “손실보상 항목별 세부 산정방식”이 서로 상이하며

 

- 신청인과 같이 코로나19 환자 치료 의료기관에 대해서는 직접비용과 기회비용을 구분하여 손실보상금을 산출하도록 규정하고 있음

 

2. 질의내용

 

○ 의료업자가 감염병관리기관(이하 “코로나19 전담병원”)으로 지정 또는 격리소 등의 설치·운영으로 입게 되는 사업상의 손실을 사유로

 

- ｢감염병의 예방 및 관리에 관한 법률｣ (이하 “감염병예방법”)제70조에 근거하여 지급받는 손실보상금이 과세대상이 되는 사업소득 수입금액에 포함되는지 여부

 

3. 관련법령

 

○ 소득세법 제19조 【사업소득】

 

① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조제1항제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다.

 

1. 농업(작물재배업 중 곡물 및 기타 식량작물 재배업은 제외한다. 이하 같다)ㆍ임업 및 어업에서 발생하는 소득

 

2. 광업에서 발생하는 소득

 

3. 제조업에서 발생하는 소득

 

4. 전기, 가스, 증기 및 공기조절공급업에서 발생하는 소득

 

5. 수도, 하수 및 폐기물 처리, 원료 재생업에서 발생하는 소득

 

6. 건설업에서 발생하는 소득

 

7. 도매 및 소매업에서 발생하는 소득

 

8. 운수 및 창고업에서 발생하는 소득

 

9. 숙박 및 음식점업에서 발생하는 소득

 

10. 정보통신업에서 발생하는 소득

 

11. 금융 및 보험업에서 발생하는 소득

 

12.부동산업에서 발생하는 소득. 다만, 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 제4조에 따른 공익사업과 관련하여 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여함으로써 발생하는 소득은 제외한다.

 

13. 전문, 과학 및 기술서비스업(대통령령으로 정하는 연구개발업은 제외한다)에서 발생하는 소득

 

14. 사업시설관리, 사업 지원 및 임대 서비스업에서 발생하는 소득

 

15.교육서비스업(대통령령으로 정하는 교육기관은 제외한다)에서 발생하는 소득

 

16. 보건업 및 사회복지서비스업(대통령령으로 정하는 사회복지사업은 제외한다)에서 발생하는 소득

 

17. 예술, 스포츠 및 여가 관련 서비스업에서 발생하는 소득

 

18. 협회 및 단체(대통령령으로 정하는 협회 및 단체는 제외한다), 수리 및 기타 개인서비스업에서 발생하는 소득

 

19. 가구내 고용활동에서 발생하는 소득

 

20. 제160조제3항에 따른 복식부기의무자가 차량 및 운반구 등 대통령령으로 정하는 사업용 유형자산을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 제94조제1항제1호에 따른 양도소득에 해당하는 경우는 제외한다.

 

21. 제1호부터 제20호까지의 규정에 따른 소득과 유사한 소득으로서 영리를 목적으로 자기의 계산과 책임 하에 계속적ㆍ반복적으로 행하는 활동을 통하여 얻는 소득

 

② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 "결손금"이라 한다.

 

③ 제1항 각 호에 따른 사업의 범위에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 「통계법」 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르고, 그 밖의 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 

○ 소득세법 제24조 【총수입금액의 계산】

 

① 거주자의 각 소득에 대한 총수입금액(총급여액과 총연금액을 포함한다. 이하 같다)은 해당 과세기간에 수입하였거나 수입할 금액의 합계액으로 한다.

 

② 제1항의 경우 금전 외의 것을 수입할 때에는 그 수입금액을 그 거래 당시의 가액에 의하여 계산한다.

 

③ 총수입금액을 계산할 때 수입하였거나 수입할 금액의 범위와 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 

○ 소득세법 제27조 【사업소득의 필요경비의 계산】

 

① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

 

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

 

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 

○ 소득세법 시행령 제51조 【총수입금액의 계산】

 

③ 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각 호에 따라 계산한다.

 

1. 부동산을 임대하거나 지역권ㆍ지상권을 설정 또는 대여하고 받은 선세금(先貰金)에 대한 총수입금액은 그 선세금을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세기간의 합계액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 기획재정부령으로 정하는 바에 따른다.

 

1의2. 환입된 물품의 가액과 매출에누리는 해당 과세기간의 총수입금액에 산입하지 아니한다. 다만, 거래수량 또는 거래금액에 따라 상대편에게 지급하는 장려금과 그 밖에 이와 유사한 성질의 금액과 대손금은 총수입금액에서 빼지 아니한다.

 

1의3. 외상매출금을 결제하는 경우의 매출할인금액은 거래상대방과의 약정에 의한 지급기일(지급기일이 정하여져 있지 아니한 경우에는 지급한 날)이 속하는 과세기간의 총수입금액 계산에 있어서 이를 차감한다.

 

2. 거래상대방으로부터 받는 장려금 기타 이와 유사한 성질의 금액은 총수입금액에 이를 산입한다.

 

3. 관세환급금등 필요경비로 지출된 세액이 환입되었거나 환입될 경우에 그 금액은 총수입금액에 이를 산입한다.

 

4. 사업과 관련하여 무상으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인하여 발생하는 부채의 감소액은 총수입금액에 이를 산입한다. 다만, 법 제26조제2항의 경우에는 그러하지 아니하다.

 

4의2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당되는 이익, 분배금 또는 보험차익은 그 소득의 성격에도 불구하고 총수입금액에 산입한다.

 

가. 삭제 <2013.2.15>

 

나. 삭제 <2013.2.15>

 

다.확정급여형퇴직연금제도의 보험차익과 신탁계약의 이익 또는 분배금

 

라. 사업과 관련하여 해당 사업용 자산의 손실로 취득하는 보험차익

 

5. 제1호, 제1호의2, 제1호의3, 제2호부터 제4호까지 및 제4호의2 외의 사업과 관련된 수입금액으로서 해당 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액은 총수입금액에 산입한다.

 

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제1조【목적】

 

이 법은 국민 건강에 위해(危害)가 되는 감염병의 발생과 유행을 방지하고, 그 예방 및 관리를 위하여 필요한 사항을 규정함으로써 국민 건강의 증진 및 유지에 이바지함을 목적으로 한다.

 

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제36조【감염병관리기관의 지정 등】

 

① 보건복지부장관 또는 시ㆍ도지사는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라「의료법」제3조에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정하여야 한다.

 

② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 「의료법」에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정할 수 있다.

 

③ 제1항 및 제2항에 따라 지정받은 의료기관(이하 "감염병관리기관"이라 한다)의 장은 감염병을 예방하고 감염병환자등을 진료하는 시설(이하 "감염병관리시설"이라 한다)을 설치하여야 한다. 이 경우 보건복지부령으로 정하는 일정규모 이상의 감염병관리기관에는 감염병의 전파를 막기 위하여 전실(前室) 및 음압시설(陰壓施設) 등을 갖춘 1인 병실을 보건복지부령으로 정하는 기준에 따라 설치하여야 한다.

 

④ 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 감염병관리시설의 설치 및 운영에 드는 비용을 감염병관리기관에 지원하여야 한다.

 

<하 략>

 

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제70조【손실보상】

 

① 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상심의위원회의 심의ㆍ의결에 따라 그 손실을 보상하여야 한다.

 

1. 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실

 

1의2. 제39조의3에 따른 접촉자 격리시설의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실

 

2. 이 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실

 

3. 이 법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무 정지 등으로 의료기관에 발생한 손실

 

4. 제47조제1호, 제4호 및 제5호, 제48조제1항, 제49조제1항제4호, 제6호부터 제10호까지, 제12호 및 제13호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실

 

5. 감염병환자등이 발생ㆍ경유하거나 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장이 그 사실을 공개하여 발생한「국민건강보험법」 제42조에 따른 요양기관의 손실로서 제1호부터 제4호까지의 손실에 준하고, 제70조의2에 따른 손실보상심의위원회가 심의ㆍ의결하는 손실

 

② 제1항에 따른 손실보상금을 받으려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 손실보상 청구서에 관련 서류를 첨부하여 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 청구하여야 한다.

 

③ 제1항에 따른 보상액을 산정함에 있어 손실을 입은 자가 이 법 또는 관련 법령에 따른 조치의무를 위반하여 그 손실을 발생시켰거나 확대시킨 경우에는 보상금을 지급하지 아니하거나 보상금을 감액하여 지급할 수 있다.

 

④ 제1항에 따른 보상의 대상ㆍ범위와 보상액의 산정, 제3항에 따른 지급 제외 및 감액의 기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

 

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 제28조【손실보상의 대상 및 범위 등】

 

① 법 제70조제1항에 따른 손실보상의 대상 및 범위는 별표 2의2와 같다.

 

② 법 제70조의2제1항에 따른 손실보상심의위원회는 법 제70조제1항에 따라 손실보상액을 산정하기 위하여 필요한 경우에는 관계 분야의 전문기관이나 전문가로 하여금 손실 항목에 대한 감정, 평가 또는 조사 등을 하게 할 수 있다.

 

③ 심의위원회는 법 제70조제1항제1호부터 제3호까지의 손실에 대하여 보상금을 산정하는 경우에는 해당 의료기관의 연평균수입 및 영업이익 등을 고려하여야 한다.

 

○ 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 [별표 2의2]

 

손실보상의 대상 및 범위(제28조제1항 관련)

 

1. 법 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실

 

가. 감염병관리시설의 설치ㆍ운영으로 발생하는 비용(법 제36조제4항에 따라 감염병관리시설을 설치ㆍ운영하는 경우는 제외한다)

 

나. 감염병환자, 감염병의사환자 등의 치료ㆍ진료ㆍ격리로 시설ㆍ장비ㆍ인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용

 

1의2. 법 제39조의3에 따른 감염병의심자 격리시설(이하 "감염병의심자격리시설"이라 한다)의 설치ㆍ운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실

 

가. 감염병의심자격리시설의 설치ㆍ운영으로 발생하는 비용

 

나. 감염병의심자격리시설을 설치ㆍ운영함에 따라 해당 시설 및 장비, 인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용

 

2. 법에 따른 조치에 따라 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료한 의료기관의 손실: 해당 의료기관(감염병관리기관인 의료기관은 제외한다)이 감염병환자, 감염병의사환자 등을 진료ㆍ치료ㆍ격리함에 따라 발생하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 비용

 

가. 치료ㆍ진료ㆍ격리로 시설ㆍ장비ㆍ인력 등을 사용하게 되는 경우 그 소요비용

 

나. 치료ㆍ진료ㆍ격리로 인해 시설ㆍ장비ㆍ인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용

 

3. 법에 따른 의료기관의 폐쇄 또는 업무 정지 등으로 의료기관에 발생한 손실: 해당 의료기관이 폐쇄 또는 업무 정지로 시설ㆍ장비ㆍ인력 등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용

 

4. 법 제47조제1호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실: 폐쇄ㆍ출입금지ㆍ이동제한 또는 통행차단으로 활용하지 못하게 되는 시설ㆍ장비ㆍ인력 비용

 

5. 법 제47조제4호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실: 감염병병원체에 오염되었거나 오염되었다고 의심되는 물건을 버리는 행위 또는 태우거나 폐기처분 당시 그 물건의 평가액

 

6. 법 제47조제5호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실: 감염병병원체에 오염된 장소에 대한 소독이나 그 밖에 필요한 조치에 드는 비용

 

7. 법 제48조제1항에 따른 조치로 인하여 발생한 손실: 감염병환자등이 발생한 장소나 감염병병원체에 오염되었다고 의심되는 장소에 대한 소독이나 그 밖에 필요한 조치에 드는 비용

 

8. 법 제49조제1항제4호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실: 감염병 전파의 위험성이 있어 판매ㆍ수령이 금지된 음식물, 폐기된 음식물 또는 그 밖에 필요한 처분의 대상이 된 음식물의 평가액

 

9. 법 제49조제1항제6호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실: 물건의 소지ㆍ이동이 제한ㆍ금지됨에 따라 발생한 비용 또는 폐기, 소각 또는 그 밖에 필요한 처분의 대상이 된 물건의 평가액

 

10. 법 제49조제1항제7호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실: 배치된 의사의 인건비 및 감염병 예방에 필요한 시설의 설치에 드는 비용

 

11. 법 제49조제1항제8호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실: 공중위생에 관계있는 시설 또는 장소에 대한 소독이나 그 밖에 필요한 조치에 드는 비용

 

12. 법 제49조제1항제9호에 따른 조치로 인하여 발생한 손실: 쥐, 위생해충 또는 그 밖의 감염병 매개동물의 구제(驅除)에 드는 비용 또는 구제시설의 설치에 드는 비용

 

13. 법 제49조제1항제10호에 따른 조치로 인하여 발생한 비용: 어로(漁撈)의 사용을 제한하거나 금지하는 경우 제한기간 또는 금지기간 동안 해당 어로를 통하여 얻을 수 있는 매출액

 

14. 법 제49조제1항제12호에 따른 조치로 인하여 발생한 비용: 동원된 의료인ㆍ의료업자 및 그 밖에 필요한 의료관계요원에 대한 인건비

 

14의2. 법 제49조제1항제12호의2에 따른 조치로 인하여 발생한 비용: 동원된 의료기관 병상, 연수원ㆍ숙박시설 등 시설을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되는 경우 발생하는 비용

 

15. 법 제49조제1항제13호에 따른 조치로 인하여 발생한 비용: 오염된 건물에 대한 소독이나 그 밖에 필요한 조치에 드는 비용

 

비 고

 

1. 위 표에 따른 손실보상의 대상 및 범위에 관한 세부사항은 보건복지부장관이 정하여 고시한다.

 

2. 보건복지부장관은 감염병의 특성에 따라 위 표에 따른 손실보상의 대상 및 범위를 적용하는 것이 곤란하다고 판단하는 경우에는 위 표에도 불구하고 손실보상의 대상 및 범위를 별도로 정하여 고시할 수 있다.