사업자가 국고보조금이나 출연금을 받은 경우, 부가가치세 과세는 어떻게 될까?

사업을 운영하다 보면 정부로부터 국고보조금이나 출연금을 지원받는 경우가 있습니다. 그런데 이럴 때 과연 부가가치세를 납부해야 할까요? 이 글에서는 국고보조금과 출연금의 개념부터 부가가치세 과세 기준까지 자세히 알아보겠습니다.

 

 

1. 국고보조금과 출연금의 개념 및 차이점

 

1) 국고보조금과 출연금이란?

 

먼저, 부가가치세 과세 여부를 논의하기 전에 국고보조금과 출연금의 개념을 정확히 이해해야 합니다. 부가가치세법에서는 두 개념을 별도로 정의하고 있지 않으므로, 각각의 근거법령을 통해 살펴볼 필요가 있습니다.

 

• 국고보조금은 ‘보조금 관리에 관한 법률’에 따라 국가가 특정 사업이나 사무를 지원하기 위해 지급하는 금전적 지원입니다. 이는 반대급부 없이 지급되며, 보조 대상 사업의 용도가 지정되어 있어야 합니다. 또한, 사업이 종료된 후에는 사후 정산을 통해 사용 내역을 점검하고, 잔액이 발생하면 국고로 반환해야 합니다.
• 출연금은 국가가 수행해야 할 사업을 민간이 대신 수행하는 경우, 국가가 재정적 지원을 목적으로 지급하는 금전입니다. 출연금은 특정 법률에 근거하여 지급되며, 일반재원의 형태로 제공되기 때문에 사후 정산이 필요하지 않고, 잔액이 발생하더라도 반환할 의무가 없습니다.

2) 국고보조금과 출연금의 차이점

 

국고보조금과 출연금은 공통적으로 국가가 직접적인 반대급부 없이 지급하는 금전적 지원이지만, 몇 가지 중요한 차이점이 있습니다.

 

 

 

 

 

2. 국고보조금과 출연금의 부가가치세 과세 기준

 

1) 국고보조금의 부가가치세 과세 여부

 

국고보조금을 지급받은 사업자의 경우, 해당 금액이 부가가치세 과세 대상에 포함되는지 여부가 중요한 쟁점이 됩니다.

 

(1) 2013년 6월 7일 이전의 법령 규정

 

과거 부가가치세법에서는 국고보조금과 공공보조금을 단순히 열거하며, 부가가치세 과세표준에서 제외된다고 규정하고 있었습니다. 이에 따라 판례에서도 사업자가 보조사업을 수행하는 과정에서 국고보조금을 지급받았을 경우, 해당 금액은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다고 해석하였습니다.

 

(2) 2013년 6월 7일 이후의 법령 개정

 

2013년 6월 7일 개정된 부가가치세법에서는 "재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금"을 부가가치세 과세표준에서 제외한다고 명시했습니다. 즉, 단순히 국고보조금이라는 이유만으로 무조건 과세 대상에서 제외되는 것이 아니라, 재화나 용역의 공급과 직접 관련이 없는 경우에만 과세표준에서 제외된다는 점을 명확히 한 것입니다.

 

이러한 개정이 이루어진 이유는 다음과 같습니다.

• 국고보조금에 대해 부가가치세를 부과할 경우, 국가의 재정 지원 효과가 감소할 우려가 있음
• 국고보조금이 재화 또는 용역의 공급과 직접적인 대가 관계가 없으면, 과세표준을 계산하기 어려움
• 세금계산서 발행 및 매입세액 공제 적용이 불가능한 현실적 문제가 존재

 

결과적으로, 국고보조금이 사업자의 재화나 용역 공급과 직접 관련이 없는 경우에만 부가가치세 과세표준에서 제외됩니다.

 

2) 출연금의 부가가치세 과세 여부

 

부가가치세법에서는 과세표준에서 제외되는 항목으로 "국고보조금과 공공보조금"만을 열거하고 있으며, 출연금에 대해서는 명확한 규정이 없습니다. 그렇다면 출연금을 지급받은 경우, 과세표준에 포함해야 할까요?

 

과세당국은 연구개발사업이나 기술개발사업을 수행하는 기관이 국가 또는 그 위임을 받은 기관으로부터 출연금을 지급받는 경우, 해당 출연금을 국고보조금으로 간주하여 과세표준에서 제외하고 있습니다. 이는 출연금과 국고보조금이 모두 국가가 직접적인 반대급부 없이 지급하는 금전이라는 공통점이 있기 때문으로 보입니다.

 

그러나 출연금이 모든 경우에서 국고보조금과 동일하게 취급되는 것은 아닙니다. 따라서 출연금을 지급받는 경우, 해당 금액이 부가가치세 과세표준에서 제외되는지 여부를 명확히 판단하기 위해 개별 사안에 대한 검토가 필요합니다.

 

 

 

3. 마무리하며

 

국고보조금과 출연금은 모두 국가의 재정 지원 방식이지만, 지급 목적과 법적 근거가 다르며, 부가가치세 과세 여부에서도 차이가 있을 수 있습니다.

 

특히 2013년 부가가치세법 개정 이후, 국고보조금이 재화 또는 용역의 공급과 직접적인 관련이 있는 경우에는 과세 대상이 될 수도 있다는 점을 유의해야 합니다. 또한, 출연금의 경우 법령상 명확한 과세 기준이 없어 세무당국의 해석에 따라 적용될 수 있으므로, 관련 규정을 충분히 검토한 후 처리하는 것이 중요합니다.

 

정부 지원금을 받을 때, 부가가치세 문제를 사전에 고려하여 올바르게 신고하고 불필요한 세금 부담을 피할 수 있도록 주의해야겠습니다. 😊